东周襄王十七年(公元前635年),猃狁被晋文公攘居西河圁(秃尾河)洛之间,史称白狄,清涧县由白狄族居住。周显王四十一年(公元前328年)属秦。
秦朝时期,属上郡肤施、阳周二县。
西汉时期,属汉上郡、圁阴。王莽新朝时,改为方阴县。建安二十年(215年),被羌族和匈奴占据。
三国至西晋时期,匈奴与汉人错居。魏黄初元年(220年),地为魏国并州所辖。西晋统一后,属晋国并州。
东晋十六国时期,先后为汉(前赵)、后赵、前秦、后秦所统治。义熙三年(407年),匈奴酋长刘勃勃叛秦建夏,本境隶夏。南北朝时期,先后为北魏、西魏和后周所辖。北魏太和十一年(487年),境内首设朔方县,属东夏州朔方郡。神龟元年(518年),置城中县。西魏大统十二年(546年),设绥德县(治今县折家坪镇境)。废帝元年(552年),析置延陵县。
隋代时期,先后属雕阴郡绥德、城平、延福县。
唐武德元年(618年),属并州道绥州。贞观元年(627年),属关内道。二年属延州。九年(635年),境内置浑州,后浑州、宽州并设宽州。后梁时期,属忠义军。后唐时期,隶延州彰武军。
北宋初年,归陕西路,继属永兴军路。北宋至道年间,为西夏所据,县废。康定元年(1040年),筑土城。庆历元年(1041年),隶鄜延路。元丰七年(1084年),设青涧城。元符二年(1099年),隶绥德军。
金大定二十二年(1182年),青涧城升为青涧县,隶鄜延路绥德州。蒙古太祖十六年(1221年),青涧县归蒙古汗国管辖。元代时期,属陕西行中书省延安路绥德州。
明洪武二年(1369年),青涧县归明朝管辖,隶属绥德州。四年(1371年),县名改为清涧。成化九年(1473年),隶延绥镇榆林道。嘉靖四十一年(1562年),改属延安府。崇祯十六年(1643年),李自成占领陕西,改清涧县为天波府。
清顺治二年(1645年),复称清涧县,仍属延安府。雍正三年(1725年),绥德州升为直隶州,领清涧、米脂二县。
民国时期,隶属几度变化。1913年,清涧县属陕西省榆林道。1926年废道,为省直管县。1935年11月,大部地域属中华苏维埃共和国临时中央政府西北办事处陕北省所辖。1937年12月,为统一战线区所辖。1940年3月,属陕甘宁边区绥德分区。1949年5月,隶属陕北行署绥德分区。
1950年1月,属陕西省绥德分区所辖。
1956年10月,隶榆林专区。
1958年12月,并入绥德县。
1959年3月,清涧成为中心乡,仍隶榆林专区绥德县。
1961年,恢复清涧县,属榆林地区行政公署管辖。
2000年,榆林地区改为榆林市,清涧县属榆林市辖县。